I november och december 2018 genomförde Upplandsmuseets arkeologiska avdelning
en schaktningsövervakning i Lena kyrkas långhus med anledning av att golvkonstruktionen skulle förnyas.
Till de äldre lämningar som dokumenterades hörde fem, möjligen sex, gravar, varav en gravkammare murad i tegel, en möjlig gravkammare som i så fall inte var murad, tre ensamliggande kistbegravningar samt en möjlig grav, indikerad av ett uppstickande kranium. Gravarna rensades fram och dokumenterades i plan men undersöktes inte närmare eftersom de låg under den nivå som berördes av arbetsföretaget. Åtminstone tegelkammaren och de tre synliga kistgravarna hör sannolikt till perioden 16001700-tal. I anslutning till de tegelkanaler som dragits in i gravkammaren hittades en begravningsblomma samt en kolt och hätta till en barngrav. Troligen kommer dessa från gravkammaren.
I den norra delen av långhuset hittades flera bemålade putsfragment. Flera av de mindre fragmenten fanns under långhusfönstren och kan ha hamnat här i samband med fönsterupptagningen på 1700-talet. Kalkmålningarna i långhuset är från mitten av
1400-talet. I långhusets nordöstra hörn fanns rester av en stenkonstruktion som troligen är spår efter det sidoaltare som omtalas på 1600-talet. På samma plats hittades huggna fragment av röd granit och kalksten som kan vara delar av detta altare. Möjligen var även en ansamling stenar på motsvarande plats söder om triumfbågen rester efter ett sidoaltare. Under den norra långhusmuren framträdde en grundmur vars sträckning avvek en aning från dagens mur. Avvikelsen är inte större än att grundmur och dagermur kan ha gjorts i ett sammanhang men den öppnar en möjlighet för ett äldre murverk på platsen.
I långhusets östra halva samt längs den norra långsidan fanns rester efter ett brandlager, som troligen haft en större utbredning men i övrigt städats bort i samband med 1800- och 1900-talets renoveringar. Även insidan av tornets övre våningar var sotigt efter en brand. Om dessa spår hör till en och samma eldsvåda och när branden eller bränderna ägt rum kunde inte avgöras vid undersökningstillfället. Sannolikt har den i tornet ägt rum innan klockorna hängdes upp här, på 1760-talet. I den nordöstra delen av långhuset nåddes ned till vad som sannolikt är en ursprunglig markyta. I denna framträdde sotfläckar och en trolig nedgrävning. Dessa låg under den nivå som skulle undersökas och lämnades därför kvar. Möjligen hör de till de järnålderslämningar som funnits på platsen innan kyrkan uppfördes.
Vid undersökningen återfanns slutligen en runsten (U 1029) och ett fragment av en annan runsten (U 1027), båda försvunna sedan 1600-talet. Merparten av U 1027 återfanns i sönderslaget skick vid 1860-talets renovering. Det nu återfunna fragmentet hör till de saknade delarna.