Blidö kyrka är belägen på en udde vid Blidösundet i norra Roslagen.
Udden var förr en holme, helt omfluten av vatten. Holmen var förbunden med huvudön genom den i 1700-talets kyrkböcker omtalade kyrckobroen, som ledde över till den numer nedbrunna karaktärsbyggnaden på Blidö gård. Läget markerade samhörigheten med gården.
Blidö kyrka ligger på en bergig kulle som sträcker sig i nord-väst varigenom kyrkan har fått samma orientering.
Till kyrkan hör kyrkogården omgärdad av stenmur med en krans av träd. I kyrkans närmsta omgivning ligger församlingshemmet (f.d. skolan från 1876) och Klockargården (1700-1799). Från den östra av kyrkogårdens ingångar leder en allé till prästgården.