Kyrkorummet består av tornets bottenvåning, långhus, korsarm i norr samt kor med tillbyggd sakristia i öster. Huvudingången är via vapenhuset i väster.
Vapenhuset är uppfört 1832. Golvet består sedan 1959 av kalkstensplattor och det plana taket av grålaserad, råsågade furubrädor. Väggarna är vitputsade med ljusöppningar i norr och söder med innanfönster av järn som tillkom 1996. I vapenhusets syd- och nordvästra hörn finns förrådsutrymmen och i tornmuren på sydvästra sidan en uppgång till tornets övre våningar. Förråden och innerdörrarna tillkom i samband med vapenhusets ombyggnad 1959.
Tornets bottenvåning är en del av långhuset och öppnar sig mot öster genom en hög spetsbågig valvöppning. Taket täcks av ett vitputsat spetsbågigt valv och i södra och norra muren finns spetsbågiga nischer. På den södra sidan finns en igenmurad stickbågig dörröppning, vilken sannolikt är den ursprungliga ingången till tornet. Golvet är liksom i långhuset täckt med svartvita viktoriaplattor.
Långhusets golv bildar en förlängning av tornets bottenvåning och täcks av svartvita viktoriaplattor. I långhusets östra del är golvet täckt med kvadratiska tegelplattor efter borttagna bänkar. I bänkkvarteren ligger trägolv, inlagt 2017. Långhuset täcks av två travéer med spetsbågiga kryssvalv från 1600-talet. Väggarna har delvis bevarade kalkmålningar, som följer de äldre 1400-talsvalvens form. Kalkmålningarna, som framtogs på 1940-talet, framställer scener ur bibeln, bland annat de tre vise männen. På triumfväggens norra sida finns en bild av en man som knäböjer framför jungfru Maria, som har tolkats kunna avbilda donatorn eller målarmästaren. Bildsviten i Maglehems kyrka har ursprungligen varit betydligt mer omfattande än vad som nu finns kvar. Den eventuella donatorsbilden antyder att målningarna kan ha tillkommit på privat initiativ. Fönsteröppningarna är sedan 1996 försedda med innanfönster av järn som följer ytterbåggens spröjsindelning. På södra väggen syns delar av ett igenmurat medeltida fönster och på norra den igenmurade nordingången.
Koret avskiljs från långhuset genom den ursprungliga triumfbågen med troligen samtida kalkmålningar på den östra muren, vilka även är synliga ovan valven. Koret har samma golvnivå som långhuset och täcks av svartvita viktoriaplattor. Väggarna och takets kryssvalv är dekorerade med kalkmålningar från 1400-talet med bland annat en yttersta domen avbildning på korets norra vägg. På den norra väggen finns även en murnisch, ett sakramentsskåp, som är inklätt med en profilerad skåpsfront med en lucka med äldre låsanordning. Koret täcks av ett svagt spetsbågigt helstensvalv med kryssribbor med treklöverformad profil.
Sakristian är belägen i direkt anslutning öster om koret med samma golvmaterial och täcks av ett vitputsat brutet valv. I öster finns en äldre ytterdörr bevarad med en yttre träimitationsmålad liggande panel på förvandring, vilken nu har funktion som innerdörr. Dörren flankeras av två mindre fönsteröppningar.
Korsarmen är belägen på långhusets norra sida och avgränsas mot långhuset av två spetsbågiga valvöppningar. Korsarmen täcks av ett korgbågigt tunnvalv, sedan renoveringen på 1950-talet klätt med vitmålade ohyvlade brädor. Golvet har samma golvbeläggning som långhuset, väggarna är putsade och avfärgade i vitt. Fönsteröppningar finns i öster och väster. I norr finns en stickbågig dörröppning, som leder till det rivna vindfånget. Dörrbladet är sidohängt och insidan består av stående ekplankor med äldre smide och lås och kan härstamma från korsarmens uppförande.
I korsarmens norra del finns orgelläktaren. En ny läktare uppfördes i samband med korsarmens tillkomst. Delar av en äldre läktarbarriär från 1604 och 1725 återanvändes i den nya läktarens barriär och består av rundbågiga bildfält avdelade av kannelerade pilastrar. I speglarna finns framställningar av Kristus och apostlarna samt kvinnogestalter som representerar kardinaldygderna. Orgeln placerades på korsarmens läktare i samband med att läktaren i väster revs 1957. Läktaren bärs upp av kvadratiska pelare med dekorativ utformning. På östra och västra sidan finns läktarunderbyggnader från 1996, varav den västra innehåller pentry och uppgång till orgelläktaren och den östra pannrum. Trappan tillkom i samband med att orgeln flyttades till korsarmens läktare. Läktarens golv är täckt av en heltäckningsmatta.
Tornets övre våningar och vindarna över kyrkan nås från en trappa i vapenhusets sydöstra del. Trappan är utformad med steg av natursten och leder till tornets tredje våning. Därifrån finns en enkel trätrappa som leder ner till tornets andra våning. På det våningsplanet står en äldre trampmaskin. Från tornet syns långhusets ursprungliga tegelfasad och västgaveln med blinderingar. Från tredje våningen finns även en sekundär öppning i långhusets västra gavel, som leder till vinden. Däröver finns klockvåningen med klockbock samt det äldre urverket till tornuret. Över långhuset och koret finns delar av den senromanska takstolen av ek bevarad. På långhuset södra vägg syns en igenmurad medeltida fönsteröppning. Ovan valven finns även delar av kyrkans tidiga kalkmålningar bevarade.
Inredning och inventarier
Altaret är av trä och sannolikt samtida med altaruppsatsen. Det har en rikt utformad och snidad framsida med profilerat listverk med rundbågiga fält, vilka har en liknande utformning som predikstolen. Altarbordet har en polykrom bemålning med förgyllda motiv i speglarna, vilka sannolikt tillkommit under 1800-talet.
Altaruppsatsen är ursprungligen tillverkad 1604, men delar har tillkommit senare. Mittpartiets altartavla framställer Nattvarden och flankeras av kolonner och vingar med snidade figurer. Altarbordet och altaruppsatsen restaurerades 1932 av konservator Hans Erlandsson som tog fram de ursprungliga färgerna.
Altarringen har en genombruten barriär med smäckra snidade balusterdockor med grindar i söder och norr och tillkom sannolikt under 1800-talet. Den är senare målad i grått med detaljer i grönt och rött.
Dopfunten är daterad till 1200-talets mitt och är utförd av gotländsk sandsten med den välsignande Kristus på cuppan och foten prydd med lejonskulpturer. Den är tillförd den så kallade Vitaby-Maglehemsgruppen, vars dopfuntar kännetecknas av cuppans akantusranka, som avbryts av en bröstbild av en manlig figur samt med godronnering på cuppans undersida.
Predikstolen med tillhörande ljudtak är daterad 1604 och är rikt snidad med utformning och detaljer i likhet med altarbordet. Korgen har sex rundbågiga fält med snidade skulpturer av evangelisterna samt Petrus och Paulus. Trappans mynning vetter mot norr och har tidigare varit försedd med en dörr. Predikstolen konserverades 1932 av konservator Hans Erlandsson som tog fram den ursprungliga bemålningen.
Bänkinredningen tillkom 1910 med bänkarna i Östra Vemmerlövs kyrka som förebild. De består av öppna bänkar i tre kvarter i långhuset och två i korsarmen med kraftigt profilerade och utsmyckade gavlar. De är målade i grått med detaljer i blått, rött samt med förgyllning.
Orgelfasaden är från 1834 och gråmålad med enkla förgyllda detaljer. Den är enligt uppgift ritad av orgelbyggare A Larsson och något modifierade av arkitekt Carl Gustaf Blom Carlsson vid Överintendentsämbetet. A Larsson avser sannolikt den självlärde orgelbyggaren Anders Larsson, vars son Johan Lambert Larsson utbildade sig till orgelbyggare och senare övertog faderns verkstad. Orgelverket är byggt 1991 av A Mårtenssons Orgelfabrik, Lund.
Kyrkan har tre klockor, varav den äldre storklockan som är daterad till 1400-talet förvaras i vapenhuset. I tornet hänger en ny storklocka, gjuten 1920, och lillklockan, som är gjuten 1634.
Kyrkan har ett bevarat triumfkrucifix, från 1400-eller 1500-talen med en tillhörande stödbjälke, trabes, som genom påskrift är daterad 1604.