Lindholmen nämns första gången 1365 som sätesgård för häradshövding Magnus Gren. Godset bildades under medeltiden genom en sammanslagning av byarna Väsby och Ösby. Dess bebyggelselämningar finns på två kullar öster om godset (Raä 66 och 122, Orkesta sn). Resterna efter en medeltida föregångare till huvudbyggnaden finns på krönet av den sk Vasakullen (Raä 60) väster om om nuvarande gård. Det medeltida stenhuset uppfördes troligen på 1440-talet och enligt lokal tradition är det Gustav Vasas födelseplats. Godset ägdes under medeltiden av ätten Banér och Ekasläkten. En ny huvudbyggnad i trä med fyra flyglar finns omnämnd på 1710-talet. Den brann ner 1844 och Robert Montgomery-Cederhielm lät uppföra nuvarande huvudbyggnad år 1884 efter ritningar av arkitekt Johan Fredrik Åbom.
I anslutning till huvudbyggnaden finns tre flygelbyggnader och en fd arrestlokal som utgör de äldsta byggnaderna på gården. Flygelbyggnaderna uppfördes under 1700-talet tillhörde troligen 1700-talets huvudbyggnad. Övrig bebyggelse kring Lindholmens gård utgörs i huvudsak av ekonomibyggnader och bostadshus som uppförts under 1800-talets slut och 1900-talets början. Tre bostadshus tillkomna mellan 1994 och 2001 utgör de yngsta byggnaderna.
I sydväst ligger en stor ladugård uppförd 1871 i sten som hämtats från den medeltida sätesgården på Vasakullen. Lagugården ligger lågt i förhållande till övrig bebyggelse och till det intill liggande magasinet.
Från den ursprungliga fastigheten har bebyggelse i anslutning till Lindholmens gård styckats av i omgångar mellan åren 1972 och 2002.
Källor:
Sveriges Bebyggelse. 1952. Landsbygden Stockholms län, del III.
Svenska gods och gårdar. 1938. Del XI Stockholms län.
Kommunens digitala fastighetsregister (Fir)
Bebyggelseinventering 1967
Dyhlén-Täcktman, I. 1986. Kulturminnesvårdsprogram för Vallentuna kommun.
Boëthius, U. 1975. Vallentunas äldre bebyggelse.
Orkesta hembygdsförening. 2000. Orkesta, en liten bygd i förändring.
Rahmqvist, S. Den medeltida sätesgården Väsby. Föregångare till Lindholmen i Orkesta.