Botanik etablerades redan 1882 som en självständig institution med egen professur vid dåvarande Stockholms Högskola. Institutionens nuvarande lokaler i Lilla Frescati invigdes 1964 och genomgick en omfattande renovering 1994. Institutionen har totalt c:a 100 anställda samt gästforskare.
Vid institutionen bedrivs en mångfacetterad botanisk undervisning och forskning, den senare indelad i tre forskarutbildningsämnen: växtekologi, växtfysiologi och växtsystematik. Varje forskningsämne leds av en ämnesansvarig professor och omfattar ett stort antal forskningsområden, vilka sträcker sig från analys av gener och molekyler till ekologiska system, samt har en rik arsenal av modern molekylärbiologisk utrustning, inklusive stora växthus och klimatkammare.
2013 slogs Botaniska och Systemekologiska institutionerna samman och fick namnet Institutionen för ekologi, miljö och botanik.