Magnus Uggla tillhör den adliga ätten Uggla, med nummer 100 på Riddarhuset. Uggla är son till patenträttsrådet Claës Uggla och musikdirektören Madeleine Thiel. Han växte upp med sina två äldre bröder Gabriel och Johan. Sedan 1990 är Uggla gift med Louise Uggla som han tillsammans har barnen Agnes och Ruben. Han har också en dotter, Emelie, från ett tidigare förhållande med fotomodellen Ann Furelid.
1968 startade Uggla sitt första band med sina grannar i Nacka. Bandnamnet var JUSO, som var en förkortning av bandmedlemmarnas efternamn.
Uggla studerade vid Calle Flygare Teaterskola i mitten av 1970-taket. Först år 2000 spelade Uggla sig själv som psykiatriker i Stockholmsfilmen Sex, lögner och videovåld. Han har också varit med i flera teater- och radiopjäser.
1999 tilldelades Uggla den första Guldbaggen för Sveriges bästa manliga liveartist. Han har också tilldelats totalt sju rockbjörnar för årets svenska album. 1991 mottog Uggla Karamelodiktstipendiet från Povel Ramel. 2005 mottog han Karl Gerhard-sällskapets stipendium.