Hamnqvist studerade vid Uppsala universitet åren 1885-1887 och blev 1889 fotograf i Karlskrona. 1890 flyttade han till Stockholm med ateljé vid Drottninggatan och 1894 vid Biblioteksgatan11. År 1905 lät han uppföra den så kallade "Fotografens villa" vid Källvägen (nuvarande Vikvägen 11) i Saltsjöbaden. Huset ritades av arkitekt Carl Westman och innehöll även en ateljé.
Han var en av stiftarna av Svenska Fotografers Förbund, där kollegan Ferdinand Flodin var sekreterare.
Bildmässig gick han och Flodin i spetsen för fotografins nya uttrycksmedel. Han lade stor konstnärlig aspekt på sina bilder och ville få fram det sköna i fotokonsten, men han varnade samtidigt för överdrifter och "förkonstling". Hamnqvist ville slänga ut den gamla ateljébråten, och helst komma bort från det mekaniska framställandet av visitkortsformaten.
I tio år verkade han i Fotografisk tidskrift, men enbart med tekniska artiklar. 1917 sålde han ateljén och flyttade till Helsingborg och 1920 vidare till Göteborg. Där blev han under en tid lärare vid Slöjdföreningens fotografiskola. Han lämnade sedan fotografyrket helt och ägnade sig i stället åt musik som musikkritiker.