Under 1930-talet ökade oron för krig i Europa och flygvapenledningen i Sverige ansåg att det fanns behov av ett medeltungt bombflygplan. Flygvapnet beställde därför 40 stycken Junkers Ju 86 från Tyskland. Ytterligare 16 flygplan av samma typ licenstillverkades på Saab i Trollhättan.
B 3 blev flygvapnets första flygplan helt i metall. Det hade fyra mans besättning och kunde bära ett ton bomber. Skyttarnas placeringar var mycket utsatta. De satt längst fram i nosen på flygplanet, längst bak eller i ett torn som sänktes ner under flygplanskroppen. Förutom som bombflygplan kunde flygplanet också användas som torpedflygplan, spaningsflygplan, transportflygplan och för utbildning av navigatörer.
Prestandamässigt var B 3 egentligen föråldrat redan vid krigsutbrottet 1939. Men flygplanen var slitstarka och det tog nästan tjugo år innan det sista av dem togs ur tjänst.
På 1950-talet byggdes flygplanet om till transportflygplan och tjänstgjorde på F 21. Sista flygningen skedde den 3 juni 1958 till Malmen, Linköping och flygplanet hade då en total flygtid på 2086 timmar.
Den B 3 som visas på Flygvapenmuseum är det enda bevarade exemplaret i världen. Det tillverkades i Tyskland och levererades till Sverige 1938 med nummer 0860412. Den 11 juni 1938 levererades flygplanet till F 1. Under 1950-talet byggdes det om till transportflygplan och tjänstgjorde på F 21. Sista flygningen skedde den 3 juni 1958 till Malmen, Linköping och flygplanet hade då en total flygtid på 2086 timmar.
Kuriosa
År 1936 började det tyska flygbolaget Lufthansa använda en civil variant av flygplanet, Ju 86Z för passagerartrafik. Flygplanet tog tio passagerare.