Skottsberg var född i Karlshamn den 1 december 1880 och inledde sina akademiska studier vid Uppsala Universitet år 1898, fil. kand. 1901, fil. lic. 1906, fil. dr där år 1907 i botanik. Docent i botanik vid UU 1907-1920. Professors namn 1919. Professor i botanik vid Göteborgs Högskola 1931 (emeritus 1947). Från 1915 ledde han arbetet med att skapa Göteborgs Botaniska trädgård, på uppdrag av Göteborgs Stadsfullmäktiges kommité för Charles Felix Lindbergs donationsfond, och blev dess chef och prefekt år 1919, avgick från prefektsbefattningen 1948. I ungdomen deltog han i Otto Nordenskjölds expedition till Arktis och Sydpolen, åren 1901-03, där hela gruppen blev strandsatt över en vinter och höll på att omkomma i de synnerligen svåra förhållanden som följde på den improviserade övervintringen. Upplevelsen finns dokumenterad i bokform. Skottsberg ledde den svenska botanisk- geologiska Magellans- expeditionen till Patagonien- Eldslandet, Falklandsöarna, Sydgeorgien, Chiloé och Juan Fernandezöarna 1907-09. Mellan 1909-14 verkade han som konservator vid Uppsala Botaniska museum. Åren 1916-17 ledare för zoologisk- botaniska svenska Pacifice- expeditionen till Juan Fernandezöarna, Påskön och mellersta Chile. Carl Skottsberg var utan tvekan en av sin tids mest beresta biologer, listan på de länder han besökt kan göras lång.
Skottsberg har bla utrett systematiska och morfologiska växtgeografiska problem främst hos havsalger och kärlväxter och därigenom lämnat viktiga bidrag till utforskandet av växtvärlden särskilt i Antarktis, Sydamerika och Stilla havet. Sina resultat som även berör utveckligshistoriska frågor har han framlagt i "Zur kenntnis der subantarktischen und antarktischen Meeresalgen" 1907, vilken även var hans doktorsavhandling.
Skottsberg har dessutom publicerat ett flertal lärda skrifter i såväl botanik samt allmän kulturhistoria.
Efter honom har mossläktet Skottsbergia fått sitt namn samt även svampsläktet Skottsbergiella.
Carl Skottsberg avled i Göteborg den 14 juni 1963.
År 1919 grundade Skottsberg Botaniska Föreningen vars ordförande han var intill 1950, i Svenska Botaniska föreningen var han ledamot av styrelsen från 1944.
Kommendör av Kungl. Nordstjärneorden 1 klass 1953-06-06, Göteborgs Stads Förtjänsttecken 1948-12-30 (första året tecknet utdelades), kommendör av Isländska Falkorden 1 klass, (storriddare med stjärna), kommendör av Chilenska Al Meritoorden, han var förut riddare av första klass (officer), riddare av Kungl. Danska Dannebrogsorden, riddare av Rumänska Kulturförtjänstorden 2 klass.
Erhöll Francisco Morenopriset, i form av en guldplakett, av Museo de La Plata i Argentina 1939.
J.A. Wahlbergs minnesmedalj i guld av Kungl. Vetenskapsakademien 1947.
År 1940, då Skottsberg fyllde 60 år, hedrades han med 3 festskrifter samt en porträttmedaljong i Göteborgs Botaniska trädgård vilken även utfördes i medaljform.
Ledamot av Göteborgs Kungl. Vitterhets- och Vetenskapssamhälle 1919, hedersledamot 1950. (LVSS, HedLVSS) Samhällets sekreterare 1924-37 dess ordförande 1939.
Ledamot av Kungl. Vetenskapsakademien 1931 (LVA) Akademiens preses 1949, vice preses 1951.
Ledamot av Kungl. Fysiografiska Sällskapet i Lund 1941 (LFS)
Ledamot av Vetenskapssociteten i Uppsala 1950. (LVS)
Dessutom ledamot av talrika in- och utländska lärda sällskap.