Den medeltida kyrkobyggnaden ligger intill Brunneby gård och omges av en park. Genom ett byte övergick godset Brunneby år 1269 såsom morgongåva till Ulvhild Magnusdotter (Folkungaättens lagmansgren). I ett tillägg till bytesbrevet framgår att hennes man Bengt Magnusson, svåger till östgötalagmannen med samma namn, testamenterade fyra mark rent silver till kyrkan en för tiden stor summa. Även senare under medeltiden har Brunneby gård ägts av medlemmar ur högfrälset. Kyrkan förmodas ha uppförts som gårdskyrka innan den blev sockenkyrka.
På 1690-talet omtalas att en sakristia av timmer och ett vapenhus också har funnits. Då kyrkan vitmenades 1729 överkalkades de medeltida kalkmålningarna. Tre fönster förstorades på 1740-talet, då också ett av de medeltida fönstren sattes igen. År 1747 tillkom den nuvarande takryttaren med spetsig tornspira, omgiven av ett antal mindre spiror. Den byggdes på egen bekostnad av den östgötske byggmästaren Gabriel Bragner mot att hans föräldrar fick sin gravplats i kyrkan. År 1764 togs en ny ingång upp i norr.
Kyrkan såldes 1828 till Brunneby gård då församlingen byggde en ny kyrka gemensamt med Klockrike. Den inreddes därefter till spannmåls- och brännvinsmagasin, varvid man rev de medeltida valven och lade in bjälklag samt en ny underkonstruktion till takryttaren. De medeltida dörr- och fönsteröppningarna sattes igen, och en ny entré togs upp på nordsidan. En del av kyrksilvret samt predikstolen och altaruppsatsen överfördes till den nybyggda Klockrike kyrka. Kyrkan nyttjades som magasin ännu in på 1960-talet.
År 1964 inköptes byggnaden av Kungl. Vitterhets Historie och Antikvitets Akademien med hjälp av insamlade medel och anslag från Berit Wallenbergs fond. Stiftelsen Brunneby kyrka, som bildades 1960 med syfte att sätta kyrkan i stånd, förfogar över kyrkan för anordnande av gudstjänster och andra kyrkliga förrättningar.
En yttre renovering ägde rum 1965, och i början av 1970-talet uppfördes en klockstapel sydväst om kyrkan. År 1974 renoverades interiören och ursprungliga dörr- och fönsteröppningarna markerades i det inre. Samtidigt framtogs kyrkans kalkmålningar och de bäst bevarade konserverades. Bjälklaget togs bort, men en del av 1800-talets konstruktioner bevarades för att minna om kyrkobyggnadens tid som magasin och som stöd för takryttaren. Kyrkan återinvigdes 1977.
, Kyrkans tidiga byggnadshistoria är oklar, men en sannolik tolkning är att den uppförts som gårdskyrka av Brunneby gårds ägare lagmannen Bengt Magnusson, som avled 1294. Det tidigaste skriftliga belägget för Brunneby härrör från år 1269 då en medlem av Folkungaätten byter bort gården till sin hustru. Av brevet framgår att en kyrka redan då fanns i Brunneby. Kyrkans ursprungliga planform är osäker, men troligen hade den ett rektangulärt långhus med smalare korabsid. Kyrkans nuvarande utformning med jämnbrett rakslutet kor fick kyrkan vid en omfattande ombyggnad på 1400-talet. Kyrkan valvslogs samtidigt med tre valv och försågs med kalkmålningar, som har tillskrivits Anders Persson som var kyrkoherde i Tjällmo. Han har även utfört kalkmålningar i kyrkorna i Tjällmo och Kristberg.
I slutet av 1600-talet försågs kyrkorummet med nya bänkar och altare och även med två herrskapsstolar för gårdsägarna till Brunneby och Kungs Norrby. På 1690-talet tillbyggdes även en sakristia, som av beskrivningen har tolkats som att den uppfördes av timmer. Det kan även ha rört sig om en ombyggnad av en äldre sakristia. På 1740-talet moderniserades kyrkan och försågs bl a med större fönsteröppningar. Det är oklart när kyrkan försågs med takryttare och även om klockorna ursprungligen varit placerade i en fristående klockstapel. På sockenstämman 1744 beslöt man att ta ner det bristfälliga kyrkotornet och år 1747 ersattes den äldre takryttaren av den nuvarande spiran. Arbetet utfördes av byggmästare Gabriel Peter Bragner i Linköping, som även uppfört klockstaplar vid bl a Åtvids och Ulrika kyrkor. Enligt uppgift avstod han från betalning mot att hans föräldrars gravsten skulle få ligga orörd och vårdas av församlingen. Gravstenen, som idag är placerad inne i kyrkan, är huggen av Bragner. Även tornets utformning var enligt traditionen en hyllning till Bragners föräldrar då de tio småspirorna sägs symbolisera Hans Perssons och Catharina Dansdotters barn. Vid samma tillfälle försågs kyrkorummet med nytt kalkstensgolv och med en ny predikstol, tillverkad av Olof Bruse i Hjo och väggpartiet bakom predikstolen draperimålades. Enligt Anton Ridderstads Beskrifning öfver Östergötland från 1877 fanns det då Å tornet finnes under takutsprånget måladt: Anno 1782. Årtalet syftade sannolikt på ett renoveringstillfälle då det även uppges att tornet målats av målare Rosengren.
I början av 1800-talet var såväl Brunneby kyrka som Klockrike kyrka i dåligt skick. Kyrkan i Klockrike var tornlös och klockorna hängde i en klockstapel. Klockstapeln, som allmänt kallades Helge Björns torn, förstördes vid ett blixtnedslag 1818. Detta bidrog till att sätta fart på beslutet att bygga en ny gemensam kyrka för Klockrike och Brunneby församlingar. Den nya kyrkan uppfördes 1826 på en ny kyrkplats ca en kilometer norr om Klockrike medeltida kyrka. Klockrikes gamla kyrka revs 1825. Brunnebys kyrka med inventarier såldes 1828 till kapten J A Tigerclou, ägare till Brunneby gård, och användes först som brännvinsmagasin och sedan som spannmålsmagasin. Det innebar en omfattande ombyggnad. Sakristian, som lär ha varit uppförd 1773, och ett vapenhus av okänd ålder revs och en ny dörr togs upp på norra sidan. I kyrkorummet revs valven och ett nytt träbjälklag tillkom som indelade kyrkan i två magasinsvåningar. I samband med uppförandet av ett nytt upplag och stöd för takryttaren skadades sannolikt väggmålningarna till en viss del. Predikstolen och altaruppsatsen flyttades till Klockrike kyrka och övriga inventarier såldes. Lillklockan användes som vällingklocka på Hassla gård och storklockan hamnade på Motala verkstad och skänktes tillbaka till kyrkan på 1970-talet.
KÄLLOR
Antikvarisk-topografiska arkivet (ATA), Riksantikvarieämbetet
Bebyggelseregistret - kulturhistorisk bebyggelseinformation, Riksantikvarieämbetet;
www.bebyggelseregistret.raa.se
Cnattingius, Bengt, Brunneby ödekyrka räddad. Ingår i Linköpings stifts julbok 1964.
Cnattingius, Bengt & Wallenberg, Berit, Brunneby kyrka, Linköpings stifts kyrkor
1987.
Ridderstad, Anton, Historiskt, Geografiskt och Statistiskt lexikon öfver Östergötland, A-M,
Norrköping 1877.
Sveriges Bebyggelse, Östergötlands län, del II, Uddevalla 1947.
Östergötland, landskapets kyrkor. Red. Ingrid Sjöström och Marian Ullén.
Forskningsprojektet Sockenkyrkorna. Kulturarv och bebyggelsehistoria.
Riksantikvarieämbetet 2004.
Östergötlands läns kalender 1872.
Östergötlands länsmuseums arkiv
Övriga inventeringar
Sedan 2002 pågående inventering av kyrkogårdar/begravningsplatser i Östergötlands län, utförs av Östergötlands länsmuseum.
Kartor
Häradsekonomisk karta 1868-1877, Ljung
Ekonomisk karta, 1948 och 1982, blad 8F 8e Brunneby
Sammanställt av Östergötlands länsmuseum i september 2007. Den kulturhistoriska bedömningen har utförts i samverkan med Linköpings Stift och Länsstyrelsen i Östergötland.