Mikroskopet PHOIBOS är en svensk uppfinning, utvecklad av en grupp doktorander vid KTH:s fysikinstitution under handledning av Peter Wallén. Projektet påbörjades under tidigt 1980-tal. De första industriellt framställda exemplaren av instrumentet gjordes omkring år 1985 på groddföretaget Sarastro på den just etablerade teknikparken Teknikhöjden i KTH:s omedelbara närhet.
Förhistorien till PHOIBOS omfattar ett antal konstruktioner i form av skannande mätmaskiner och digitala bildläsare. De har alla det gemensamt, att opto-mekanisk skanning kommer till användning. Den första i raden är från 1965 och ersatte ett tidigare manuellt förfarande vid mätning av fotograferade optiska spektra. I slutet av raden står en mikroskopskanner från mitten av 70-talet. Den byggdes för en medicinsk forskargrupp i Uppsala och fick där mångårig användning.
1960 inträffade en sak som i sinom tid, dvs 20 år senare, kom att påverka apparatbyggande vid institutionen på ett radikalt sätt. Lasern blev uppfunnen.
I slutet av 1970-talet drogs riktlinjerna upp för det, som skulle komma att bli PHOIBOS. Utmaningen var att skapa en skanner, som möjliggjorde digital registrering av bilder från ett fluorescensmikroskop. Lasern var en ideallsk ljuskälla för att excitera fluorescens från det mikroskopiska objektet, som kunde vara en biologisk cell. Den gjorde det möjligt, att åstadkomma en i det närmaste punktformig belysning på valfri plats i mikroskopets fokalplan.